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財政部決定，從寬認定境外基金收益的海外所得稅負，長期持有境外基金者，99年以後出售境外基金，可按98年12月31日當日基金淨值與實際取得成本擇一從高認定，長期持有者的海外所得稅負，將可因此大舉下降。

財政部強調，此舉形同不追溯既往，對投資收益課稅的從寬原則，讓持有境外基金的投資人，縱使在99年後出售海外基金（98年前買進者），也享有免徵98年之前境外基金收益海外所得稅的實質效果。

這項針對境外基金採取的成本從寬認定原則，假設基金持有人的原始取得成本，高於98年12月31日的淨值，依財政部規定，投資人可要求按原始取得成本辦理申報。

舉例來說，甲在90年購買境外基金的取得每單位成本10元，至98年12月31日時仍未出售，當日基金淨值為50元，甲在99年5月將持有近十年的境外基金以每單位100元出售，依據「成本擇一從高」原則，甲原始成本雖為10元，但可選擇按98年12月31日的淨值50元做為成本，因此以每單位基金收益50元計算。

若甲購買境外基金的每單位成本是50元，至98年12月31日時，淨值下降為40元，甲在99年後出售境外基金，成本仍可按50元計算。

不過財政部規定，取得成本「擇一從高」認定原則，只適用能舉證成本者，無法舉證成本的投資人，必須依財政部所訂的收益比率申報。

目前財政部對於無法舉證境外基金成本者，乃依20%做為收益，也就是100元中，有20元需要納入最低稅負的所得額課稅。

最低稅負制自95年元月起施行後，國人的海外所得明令要自98年起課稅，但依法可以再延一年自99年施行，財政部指出，最低稅負對於國人的海外所得課稅，必須達到二項標準，一是合計全戶的海外所得總額要超過100萬元；二是國外加計國內（應稅及免稅）所得總額達到600萬元時，海外所得包括境外投資收益，才需報繳20%的最低稅負所得稅。

財政部強調，投資人不必過於擔心境外基金因此被課徵20%的所得稅，依據統計，國內申報最低稅負並繳稅者，每1,000個申報戶只有一戶受到影響，多數投資人應該都不會有被課到稅的問題。